Mit dem Vorwurf von Gewaltanwendung in der Internatserziehung in den frühen 1980er Jahren hat sich ein ehemaliger Internatsschüler an die Missionsbenediktiner gewandt. Erzabt Wolfgang Öxler und das Beraterteam nehmen die Anschuldigungen sehr ernst und haben eine Untersuchung eingeleitet. „Wenn ich von Leid erfahre, das insbesondere junge Menschen durch Ordensmitglieder erlitten haben, spüre ich Wut und Traurigkeit. Wir schauen und hören bei solchen Hinweisen genau hin und haben alle Fälle zu sexueller Gewalt oder Gewalt, die seit 2010 bekannt geworden sind bearbeitet.“
Der beschuldigte Mönch, der seinerzeit Erzieher im Internat war, hat eingeräumt, einzelne Ohrfeigen ausgeteilt zu haben. Diese Tatsache bereue er heute. Bisher gibt es keine gleichlautenden Beschwerden oder Fälle. Von einem „System B.“ wie der Betroffene sagt, ist nichts bekannt. Erzabt Wolfgang OSB und der Missbrauchsbeauftragte P. Regino Schüling OSB haben dem Betroffenen ein Gespräch angeboten.
Es gab in den 90er Jahren einen Fall von Gewalt im Internat. In diesem Fall hat dies Klosterleitung umgehend reagiert und den Internatserzieher sofort aus dem Arbeitsbereich genommen. Das Internat wurde 2016 geschlossen.
Ebenso hat sich in diesen Tagen eine betroffene Person an die Presse gewandt, die in den 1960er Jahren Opfer von sexuellen Übergriffen durch einen Mönch im Klostergut Wessobrunn geworden ist.
Das Klostergut gehörte als abhängiges Haus zur Erzabtei. 1996 wurde die Landwirtschaft aufgegeben. In diesem Zusammenhang ist auch ein weiteres Opfer bekannt. Der mutmaßliche Täter ist in den 80er Jahren gestorben. Es gibt aus dieser Zeit keine schriftlichen Hinweise oder eine bekannte Sanktionierung. Die Klosterleitung weiß seit 2010 aus den Erzählungen von den beiden Betroffenen davon und hält die Schilderungen für plausibel. In diesem Fall gab es Gespräche mit den Betroffenen und eine umfassende Entschuldigung durch den damaligen Erzabt Jeremias Schröder. Einer der Betroffenen hat vom Kloster eine Entschädigungsleistung erhalten.
Als im Jahr 2010 Missbrauchsfälle im Internat bekannt wurden, hatte der damalige Erzabt Jeremias Schröder in einer Predigt und in den Medien gebeten: „Wenn es etwas zu klären gibt, dann helfen Sie uns bitte das zu tun. Wir sind niemandem böse, und wir lernen, dafür dankbar zu sein.“ Dass diese Aussage unverändert gilt, bestätigt Erzabt Wolfgang: „Wir sind daran interessiert, dass alles zur Sprache kommt, was vorgefallen ist. Ich kann nur ermutigen auf mich zu zukommen. Seit dem Jahr 2010 haben wir jeden Fall, der an uns herangetragen wurde, bearbeitet. Zwölf Fälle aus dem Bereich des sexuellen Missbrauchs konnten nachgewiesen werden. Im Jahr 1967 wurde ein Täter durch das Landgericht Kempten verurteilt. Sieben Fälle haben wir an die Staatsanwaltschaft weitergegeben. Wenn betroffene Personen keine Einschaltung der Staatsanwaltschaft wollten, haben wir das respektiert. In einigen Fällen haben wir Therapiekosten übernommen, das entstandene Leid anerkannt und Entschuldigungen angeboten“ Seit 2010 gab es keine Hinweise mehr auf neue Tatbestände sexueller Übergriffe, die sich erhärtet hätten. Alle bekannten Täter sexuellen Missbrauchs sind entweder aus dem Kloster ausgetreten oder verstorben.
Ein bewusster und reflektierter Umgang mit Kindern und Jugendlichen ist der Klostergemeinschaft wichtig. Die aktuelle geltende Ordnung zum „Umgang mit sexuellem Missbrauch“ ist in der Erzabtei seit 2020 in Kraft. Der Präventionsbeauftrage Br. David Gantner OSB: „Seit einigen Jahren organisieren wir regelmäßig Präventionsschulungen für die Mönche der Erzabtei, die als Tagesheimerzieher, als Lehrer oder Priester Umgang mit Schülern haben."